اعتبرت ​الحكومة اليمنية​ أن "ما أقدمت عليه ​الإمارات​ في جزيرة سقطرى أمر مفاجئ وغير مبرر"، مؤكدة أنه "لم يطرأ جديد في وضع ​الجزيرة​ بحيث يستوجب سيطرة الإمارات على المطار و​الميناء​ هناك".

ولفتت إلى أنه "فاجأتنا الأحداث بما لم نتوقعه، وصلت الحكومة إلى سقطرى يوم السبت الموافق 28 أيار 2018 في زيارة رسمية تستغرق أيام، وقد استقبل أهالي محافظة أرخبيل سقطرى رئيس ​مجلس الوزراء​ والوفد المرافق له استقبالاً حاراً عكس دفء المشاعر الأخوية الصادقة بين اليمنيين، وخاصة في الأزمات".

وأوضحت "تسلسل الأحداث، التي طرأت في الأيام الأخيرة على الجزيرة اليمنية الواقعة فى ​المحيط الهندي​ قبالة سواحل القرن الأفريقي بالقرب من خليج عدن" وعزت التطورات الأخيرة إلى "حالة الخلاف بين الشرعية والأشقاء في الإمارات، ولم يطرأ جديد في وضع الجزيرة السياسي والعسكري الذي يستوجب السيطرة على المطار والميناء".