قضت ال​محكمة​ العليا للطعون العسكرية في مصر، بتأييد حكم محكمة جنايات عسكرية ​الإسكندرية​، بمعاقبة 17 متّهمًا ب​الإعدام​، والسجن المؤبّد لـ19 متّهمًا بينهم سيدة، والسجن 15 سنة لـ8 متهمين، والسجن 15 سنة لمتهم، والسجن 10 سنوات لآخر، وذلك فى اتهامهم في القضية المعروفة إعلاميًّا بـ"تفجير الكنائس الثلاث".

وفي 10 تشرين الثاني 2018، قضت المحكمة العسكرية بالإسكندرية بإعدام 17 متّهمًا و​السجن المؤبد​ (25 عامًا) لـ19 متّهمًا والسجن 15 سنة لـ9 متهمين".

وأصدرت حكمًا بالسجن 10 سنوات لمتهم، وانقضاء الدعوى بالوفاة لمتّهمين اثنين، وذلك على خلفية اتهامات عدّة بينها استهداف كنائس عدّة عام 2017 أدّت إلى مقتل 82 شخصًا والشروع في قتل 166 آخرين وتخريب الممتلكات العامة.

وفى 21 أيار 2017، أحال النائب العام نبيل صادق، 48 شخصًا للقضاء العسكري لاتهامهم بالضلوع في تفجير 3 كنائس في ​القاهرة​ وطنطا والإسكندرية في كانون الأول 2016، ونيسان 2017.