لفتت ​منظمة الشباب التقدمي​، في بيان إلى انه "بعد انقضاء أشهر عدة من التحقيق وارتفاع التساؤلات حول نتائجه، تطالعنا ​السلطة​ الحاكمة بقرارات تؤكد نية العهد والقيمين عليه بالعبث في ​القضاء​ واستقلاليته المزعومة. فبعد تعطيل ​التشكيلات القضائية​، يتآمر العهد لإصدار قرار جائر في ملابسات ​جريمة المرفأ​ عبر إعفاء القاضي صوان من مهامه وتعيين قاض آخر؛ مؤكدين استمرارهم بتعطيل مؤسسات ​الدولة​، والتدخل بالقضاء، وتأخير التحقيق بجريمة المرفأ وإصدار نتائجه".

وذكرت المنظمة "القضاة الذين يتولون هذه المهمة، أنهم مؤتمنون على الوطن والحقيقة والعدالة، وهم وحدهم القادرون على إنصاف عائلات الشهداء والمتضررين من الإنفجار؛ وبأنهم ملزمون استدعاء والتحقيق ومساءلة كل الذين على معرفة أو متورطين بملابسات الإنفجار، من أصحاب الحصانات والمعالي والسعادة والفخامة، فمن المعيب، أن تُطوى صفحة ​التحقيقات​ من دون كشف الملابسات الفعلية للحادثة" .

وحذرت "في عهد استباح في التدخلات القضائية، من المزيد من التلاعب في مجرى التحقيقات"، ونبهت "أولئك الذين لا ثقة بآدائهم أو تجاربهم، أنها ستقف بالمرصاد في وجه أي محاولة جديدة للسيطرة على مسار هذه القضية الوطنية وتحويرها".

ودعت المجتمع الأهلي إلى "التكاتف والصمود في وجه العابثين في القضاء، إحقاقا للعدالة ورأفة بدماء الضحايا ودموع الأمهات. فالعدالة تعلو، ولا يعلى عليها" .