دانت ​هيئة علماء المسلمين​ ما حصل في مسجد الخاشقجي أثناء تشييع الشهيد ​محمد الشعار​ من سباب وشتائم وتطاول على مفتي الجمهورية وعلى دار الفتوى بما تمثل من مرجعية دينية ووطنية وانتهاك لحرمة المسجد والعبادة والموت، فحرمة المناسبة والمكان كان ينبغي على الجميع احترامهما بغض النظر عن الخلافات الموجودة التي لا تحل بهذا الأسلوب اللاأخلاقي، مطالبة الأجهزة الأمنية بـ"توقيف المحرضين على ما جرى لمعرفة دوافعهم و الجهات التي تقف خلفهم".

وطالبت القوى الأمنية بـ"الكف عن سياسة الكيل بمكيالين ووقف الاستدعاءات والتوقيفات التي تطال فقط الناشطين في دعم الثورة السورية مقابل التهاون مع المتهمين بالتفجيرات التي تطال شخصيات أو مناطق مؤيدة للثورة ومنها مؤخراً، مهزلة التحقيق الشكلي مع زعيم عصابة الحزب الذي فجر مسجدي التقوى والسلام ثم الإفراج عنه، في الوقت الذي صدر حكم ظني بإعدام مجموعة من الشباب المتهمين بتهمة استهداف المواكب العسكرية المتوجهة لدعم نظام الأسد في سوريا".

واستنكرت "ما صدر عن حكومة الإنقلاب في مصر من إلغاء لجماعة الإخوان المسلمين واعتبارها منظمة إرهابية"، معتبرة ان "ذلك يشير إلى ملامح بداية مرحلة جديدة من الاستبداد والقمع ومصادرة الحريات وحرب مفتوحة على الدين والمتدينين ليس في مصر فقط بل في المنطقة بأسرها".