إتهم قائد المجلس العسكري الثوري في حلب وريفها العقيد ​عبد الجبار العكيدي​، من سماها "عصابات النظام السوري" بـ"الوقوف وراء عملية إختطاف المطرانين بولس اليازجي ويوحنا ابراهيم في حلب"، قائلاً: "لقد تواصلنا مع جميع الكتائب والقطع العسكرية العاملة تحت قيادتنا، وتأكدنا أنه لا علاقة لهم بهذه العملية المستنكرة"، مشيراً إلى "وجود كتائب مؤلفة من الأمن والشبيحة تتبع المخابرات السورية وتنشط في المنطقة ذاتها التي خطف فيها المطرانين".

وفي حديث صحافي، نفى العكيدي أن "يكون لـ"كتيبة نور الدين زنكي" التابعة للمجلس العسكري في حلب أي صلة بالحادث"، موضحاً أن "النظام السوري يسعى إلى خلق فتنة بين المسيحيين والمسلمين خصوصاً بعد تولي شخصيات مسيحية بارزة مثل جورج صبرا مناصب قيادية في المعارضة، الأمر الذي يحرج النظام ويدفعه إلى الذهاب نحو خيار زرع الفتنة بين أبناء الوطن الواحد".