إدعى مفوض الحكومة لدى المحكمة العسكرية ​القاضي صقر صقر​ على الشيخ عمر الاطرش مع 12 شخصا من جنسيات مختلفة لبنانية وفلسطينية وسورية بجرم الانتماء الى تنظيم مسلح بهدف القيام باعمال ارهابية وهي تنظيم "القاعدة" و"​كتائب عبدالله عزام​".