وأشارت الهيئة الوطنية لحقوق الإنسان في تقرير إلى أن "الهيئة تعتبر أن إحالة جريمة انفجار مرفأ بيروت إلى المجلس العدلي لا تتماشى مع معايير المحاكمات العادلة، كونه على درجة واحدة من المحاكمات وبغياب أي سلطة قضائية رقابية، ويشكل في تكوينه واختصاصه وأصول العمل لديه محكمة استثنائية بامتياز، وتولي إحدى المواد قاضي التحقيق العدلي الحق بألا يكون مقيدا بحد أقصى للتوقيف الاحتياطي".
وشددت على ان "هذه المحكمة الاستثنائية ينبغي ان تخضع لتعديل تشريعي يجعلها تتلائم مع مبادئ حقوق الإنسان، توصي بإلغاء جميع المحاكم الاستثنائية في لبنان، في مقابل تحصين المحاكم المدنية وتكريس استقلاليتها من خلال إقرار اقتراح القانون المتعلق باستقلال القضاء العدلي وشفافيته".
وخلص التقرير إلى "تبني الهيئة، التوصية التي أصدرها عدد من مقرري الأمم المتحدة المستقلين بضرورة إجراء تحقيق سريع ونزيه ومستقل ويتمتع بمصداقية، وفق ما تنص عليه مبادئ حقوق الإنسان، للنظر في جميع الادعاءات والمخاوف والاحتياجات التي سببها الانفجار، وفي الفشل في حماية حقوق الإنسان. ويجب حماية التحقيق من أي تأثير غير ضروري ومنحه ولاية قوية وواسعة النطاق للتحقيق بفاعلية في أي إخفاقات منهجية ارتكبتها السلطات والمؤسسات اللبنانية على مستوى حماية حقوق الإنسان".
وسندا للمادة 16 من القانون رقم 622016، تقدمت الهيئة بتوصيات، إلى "السلطات اللبنانية بإجراء تحقيق في انفجار مرفأ بيروت، بمعايير تراعي مبادئ حقوق الإنسان، بعيدا عن أي تدخل سياسي محتمل، لضمان الكشف عن الحقيقة، وتحقيق العدالة، وتقديم التعويضات للضحايا. باستكمال أعمال البحث عن المفقودين وضمان حق عائلاتهم بكشف مصيرهم، وما يستتبع ذلك من إجراءات تشمل إنشاء قاعدة بيانات للحمض النووي. بتبني رزمة واسعة من الإصلاحات تضمن توفير المأوى والغذاء والكهرباء وخدمات الصحة والتعليم، بعد أن بات نصف سكان لبنان يعيشون تحت خط الفقر، مع إيلاء الاهتمام اللازم للوضع الاقتصادي والاجتماعي للفئات الأكثر ضعفا. وإلى الأمم المتحدة والجهات المانحة، بزيادة المساعدات الإنسانية المقدمة إلى لبنان على وجه السرعة".
